Фамилия Говнотяпов — один из тех редких случаев, когда исходное прозвище сохранилось почти без цензуры, не превратившись в благообразное Говендяев или Говорухин. Она образована по стандартной русской модели: основа прозвища плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Говнотяпа). Суффикс самый массовый, а вот основа — исключительная.

Прозвище Говнотяп сложное, состоит из двух корней: «говн-» (нечистоты, отбросы) и «тяп-» (от глагола «тяпать» — рубить, делать кое-как, небрежно, или «тяпнуть» — ударить). В народной речи «тяп» — это и удар топором, и вообще резкое, неаккуратное действие. Соединение даёт примерно такой смысл: «человек, который небрежно, грязно работает с нечистотами», либо «тот, кто мажет, пачкает, делая дело тяп-ляп». Вторая версия — прозвище могли дать золотарю (ассенизатору) или кожевнику, чья работа была физически грязной и требовала грубой силы, без особой филигранности.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова) фамилия Говнотяпов не фигурирует как частотная — это штучный, локальный антропоним. Вероятнее всего, она возникла в среде черносошных крестьян или посадских людей Русского Севера или центральных губерний, где прозвища давали без стеснения, по самому яркому бытовому признаку. В дворянской среде или у духовенства такое прозвище закрепиться не могло — его бы переосмыслили или заменили при записи в метрику.

Написание фамилии устойчивое, через «о» в корне, что подтверждает её простонародное, а не книжное происхождение (в книжном варианте скорее было бы «Говен-»). Вариант с «а» (Гавнотяпов) — это уже более поздняя, диалектная или просто ошибочная транскрипция. Единственная особенность, которая могла смягчить звучание при переходе в официальный документ — замена на Говнотепов (от «тепать» — бить, стегать), но этот вариант встречается ещё реже.