Фамилия Говноухин — одна из тех, что заставляют усомниться в привычном представлении о «благозвучных» русских фамилиях. Её основа — корень «говн-» — в древнерусском языке не несла того однозначно-бранного смысла, который закрепился за ним в современном русском. В старину «говно» означало просто «грязь», «нечистоты», «отбросы» — бытовое, а не ругательное слово. Поэтому прозвище Говноухо (буквально «грязное ухо») могло указывать на человека, который не следил за собой, работал в нечистотах или, что вероятнее, получил ироничное прозвище за неопрятность. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Говноухин, то есть сын или потомок Говноуха.

Модель образования фамилии — от прозвища, состоящего из двух корней: «говн-» и «ух-». Такие «композитные» прозвища были характерны для русской народной традиции: они ярко описывали внешность, привычку или занятие человека. Аналогов немало: Кривоухов, Сухоухов, Долгоухов. В этом ряду Говноухин стоит особняком из-за резкого для современного уха первого корня, но по словообразовательной логике ничем не отличается от них.

В дореволюционных документах фамилия встречается крайне редко. Это не массовая, а штучная фамилия, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, в одной или нескольких соседних деревнях. В переписных книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков она могла записываться как Говноухов (с суффиксом «-ов»), но вариант на «-ин» закрепился из-за того, что основа прозвища оканчивается на гласный звук («о» в «ухо»). В некоторых говорах фамилию могли произносить с ударением на первый слог: Го́вноухин, что ещё больше отдаляло её от современного ругательства.

Социальный контекст фамилии — крестьянская среда. Прозвища с корнем «говн-» в русской деревне давали не со злобы, а как бытовую метку: «грязнуля», «неряха». Носитель фамилии Говноухин в XIX веке, скорее всего, был крестьянином из центральной России или Поволжья. Сведений о дворянских родах с такой фамилией нет — это однозначно простонародное именование, которое не «облагородили» в позднейшие времена.

Сегодня фамилия Говноухин — редкость, и её носители, вероятно, сталкиваются с неловкостью при произношении. Но с точки зрения ономастики это ценный артефакт: он показывает, насколько изменилось восприятие одного и того же слова за последние триста лет. То, что было безобидным описанием, стало табуированной бранью, а фамилия-памятник осталась.