Фамилия Грчишникова — редкий случай, когда исходное слово почти стёрто из языка, а сама фамилия сохранила его в виде, близком к диалектному произношению. В основе лежит не литературное «горчишник» (тот, кто делает или продаёт горчицу), а именно «грчишник» — с характерной для южнорусских и украинских говоров заменой безударного «о» на «ы» или редукцией гласного. Такое написание — не ошибка, а живая фонетическая запись, закреплённая в документе.

Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Грчишников — сын или потомок Грчишника. Модель типична для русских фамилий, образованных от названий ремёсел или прозвищ. Сам «грчишник» — это человек, связанный с горчицей: либо выращивал её, либо молол семена на масло, либо торговал порошком или готовой приправой. В XIX веке горчичное производство было распространённым промыслом в южных губерниях (Саратовской, Астраханской, Херсонской), где климат позволял сеять горчицу в больших объёмах.

Слово «грчишник» не фиксируется в нормативных словарях русского литературного языка — это диалектный или просторечный вариант. В письменных источниках встречаются обе формы: и «горчишник», и «грчишник». Второй вариант мог закрепиться в переписи, если писарь записывал фамилию со слов крестьянина, произносившего её по-местному. Поэтому носители фамилии Грчишникова с высокой вероятностью происходят из регионов, где говорили «грчица» вместо «горчица» — это юг России, Украина, а также переселенческие общины Поволжья.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мещанской: ремесленные прозвища редко давали дворянам, а горчичный промысел считался «чёрной» работой. Фамилия не получила широкого распространения, осталась локальной, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если предки носили такую фамилию, то, вероятно, жили в одном из южных сёл или станиц, где горчицу сеяли на полях.