Фамилия Гришенькина образована от имени Гришенька. Это ласкательная форма крестильного имени Григорий, которое пришло из греческого языка и означает «бодрствующий». В народной среде имя Григорий было одним из самых распространённых, что породило десятки уменьшительных форм: Гриша, Гришка, Гришуня, Гришата и, конечно, Гришенька. Именно эта нежная, домашняя форма и легла в основу фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Гришенькин — значит «сын Гришеньки» или «из семьи Гришеньки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я. Скорее всего, основатель рода Гришенькиных был человеком из простого сословия — крестьянином или ремесленником. В дворянской среде фамилии чаще образовывали по другой модели, с суффиксами -ов/-ев, поэтому форма на -ин выдает незнатное происхождение.

Интересно, что фамилия Гришенькина встречается реже, чем Гришин или Гришкин. Это объясняется тем, что форма Гришенька была более ласковой и интимной: так называли ребёнка в семье, но не всегда использовали в официальных документах. Фамилия могла закрепиться за той ветвью рода, где прозвище Гришенька прижилось особенно прочно. Таким образом, потомок человека по имени Гришенька со временем получил фамилию Гришенькин, а в женском роде — Гришенькина.