Фамилия Гришонкова — одна из тех, что хранит в себе уменьшительно-ласкательное обращение. В её основе лежит имя Гришонок. Это не просто вариант имени Григорий, а его особая, «семейная» форма, которая была распространена в северных и центральных говорах Руси. Суффикс -онок в русском языке (как и -ёнок) обычно указывает на детёныша или маленькое существо: волчонок, лисёнок. Применительно к человеку он давал прозвище «маленький Гриша» — Гришонок. Так в крестьянской среде могли называть младшего сына или просто ребёнка, чтобы подчеркнуть его возраст или рост.

Сам корень восходит к крестильному имени Григорий (от греческого «григорео» — «бодрствующий», «бдительный»). Однако в фамилии Гришонкова мы видим не прямой переход от полного имени, а именно через прозвищную форму. Это типичная «фамилия-отчество», только не на -ов/-ев, а на -ин. Суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я: Гришонка → Гришонкин. Со временем, в результате диалектных особенностей произношения или под влиянием письменной фиксации, фамилия могла закрепиться в форме Гришонков (а для женщин — Гришонкова). Кстати, в некоторых регионах (например, в бывших новгородских землях) фамилии на -онков встречаются чаще, чем где-либо ещё, и Гришонковы — одно из таких локальных гнёзд.

В отличие от распространённых Григорьевых или Гришиных, фамилия Гришонкова редкая. Она указывает на то, что предок носителя был не просто «сыном Григория», а именно «Гришонком» — возможно, самым младшим в семье или человеком небольшого роста, за которым закрепилось это прозвище. Женская форма Гришонкова — это либо дочь, либо жена Гришонкова. В современных базах данных фамилия встречается в основном в Центральной России и Поволжье, но её корни уходят в те места, где жив был говор с характерным суффиксом -онок.