Фамилия Грунюшкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, причём с неочевидной мотивацией. Корень «грун-» в русских говорах не связан с землёй (грунтом), а восходит к диалектному глаголу «грунить» — ворчать, брюзжать, сердито бормотать. В словаре Владимира Даля зафиксировано: «груня» — ворчун, брюзга. Таким образом, Грунюшка — это человек с ворчливым характером, тот, кто постоянно недоволен. Прозвище давали не в обиду, а как меткую бытовую характеристику — в деревнях такие клички прилипали намертво.

Суффикс «-ушк-» в основе (Грунюшка) — уменьшительно-ласкательный, но в прозвищах он часто работает иронически: называли Грунюшкой не маленького и милого, а того, чьё ворчание стало приметой. Фамильный суффикс «-ин» стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Грунюшкин, то есть сын, потомок или человек из семьи Грунюшки.

Интересно, что фамилия избежала типового окончания «-ов» (Грунюшков не возникло), хотя основа оканчивается на согласный. Это говорит о том, что прозвище Грунюшка бытовало в форме с конечным «-а», что типично для северных и центральных говоров, где ласкательные формы легко становились уличными кличками. Географически фамилия тяготеет к Тверской и Псковской областям — именно там диалектное «грунить» употреблялось активнее всего. Встречается и в смежных регионах, но везде редко: по данным открытых телефонных справочников, носителей Грунюшкиных по России не более нескольких сотен.

Есть соблазн связать фамилию с женским именем Груня (от Агриппина), но это маловероятно: для образования от женского имени использовали бы суффикс «-ин» при основе Груня, получив фамилию Грунин. А «Грунюшка» — именно прозвищная форма, образованная от глагольного корня. Так что предок-Грунюшкин был, скорее всего, не обладателем имени, а обладателем характера — ворчливым, но своим, деревенским брюзгой, чья манера говорить закрепилась в фамилии на века.