Фамилия Грунюшкина образована от имени Грунюшка — уменьшительно-ласкательной формы женского крестильного имени Агриппина, которое в славянской народной традиции чаще звучало как Аграфена. Само имя восходит к римскому родовому имени Агриппа, а его значение — «горестная». Несмотря на грустный перевод, на Руси имя было распространённым, и одной из покровительниц считается мученица Агриппина, день памяти которой приходится на 6 июля (23 июня по старому стилю).

Модель образования фамилии Грунюшкина — притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, указывающее на принадлежность. Фамилия означает «дочь (или жена) Грунюшки». То есть её основой стало не полное, а домашнее, обиходное имя, что типично для русских фамилий, особенно женских, которые чаще возникали от имён матерей или бабушек, если женщина была главой семьи или вдовой.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые были характерны для большинства крестьянских родов, фамилии на -ин чаще встречались в северных и центральных губерниях России. Поэтому можно предположить, что предки Грунюшкиных жили, например, в Архангельской, Вологодской или Костромской землях, где «акающие» говоры сохраняли такие формы имён, как Груня, Грунюшка.

Любопытно, что в ряде говоров имя Грунюшка могло быть и мужским прозвищем — так иногда называли человека с мягким, «бабьим» характером или того, кто занимался женской работой. Однако основная версия остаётся «матримониальной»: фамилия пошла от женщины по имени Грунюшка. Процесс закрепления фамилий в крестьянской среде завершился лишь к концу XIX века, поэтому точное место и время возникновения рода Грунюшкиных можно установить только через генеалогические разыскания в конкретных приходских книгах.