Фамилия Грязнопупский — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было не обидным, а скорее бытовым или даже шутливым. Вопреки первому впечатлению, «грязный пуп» вряд ли указывал на нечистоплотность человека. Скорее всего, прозвище Грязнопуп давали либо младенцу, родившемуся с заметной родовой отметиной (тёмным пятном на животе), либо человеку, чья работа была связана с землёй, глиной или сажей — например, горшечнику, гончару или печнику. В крестьянском быту «пупом» называли не только сам пупок, но и выпуклый центр чего-либо (например, середину поля или возвышенность), так что прозвище могло относиться и к хозяину участка с чёрной, жирной, «грязной» землёй.

Суффикс -ск- в окончании фамилии (Грязнопупский) — верный признак того, что перед нами фамилия дворянского или шляхетского образца. Такие фамилии на -ский/-цкий в XVI—XVII веках обычно получали владельцы поместий, названных по их вотчинам. Однако в случае с Грязнопупскими это, скорее всего, не наследственная знать, а позднейшая «благозвучная» переделка: при переходе из податного сословия в духовное или при записи в реестры казаков простую фамилию Грязнопупов могли «удлинить» до польско-шляхетского образца, чтобы звучала весомее. Так нередко поступали с фамилиями, которые казались слишком грубыми для церковного или военного списка.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным областям Российской империи — современным Украине, Белоруссии и югу России. Встречается она крайне редко, и это не случайно: двойная основа с корнем «грязн-» и необычным компонентом «-пуп-» в сочетании с суффиксом -ск- создаёт громоздкую, почти карикатурную конструкцию. В XIX веке носители такой фамилии могли сознательно менять её на более нейтральные варианты (Грязнов, Пупков, Пуповский), чтобы избежать насмешек.

Интересно, что в ономастических словарях нет единого мнения о происхождении подобных фамилий. Биографических данных о конкретных Грязнопупских в открытых источниках почти не сохранилось — это говорит о том, что род был малочисленным и не принадлежал к столбовому дворянству. Скорее всего, предки носителя фамилии были вольными хлебопашцами, однодворцами или мещанами, а сам фамильный «шляхетский» суффикс — лишь дань моде на благородное звучание, которая охватила непривилегированные сословия в XVIII—XIX веках.