Фамилия Губардин — одна из тех, чьё происхождение не лежит на поверхности, но при ближайшем рассмотрении оказывается довольно прозрачным. В её основе лежит прозвище или мирское имя Губарда. Ключ к разгадке — в суффиксе -ин, который указывает на принадлежность: Губардин буквально значит «сын Губарды» или «человек из семьи Губарды». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я.

Само слово «губарда» в русских говорах неоднозначно. Самая правдоподобная версия связывает его с диалектным глаголом «губардить» — делать что-то небрежно, кое-как, или с существительным «губарда» в значении «неряха», «растрёпа». В этом случае прозвище Губарда мог получить человек неаккуратный, не слишком заботящийся о внешнем виде. Менее вероятна, но тоже возможна связь с тюркскими языками, где корень «губ» (куб) может означать «сосуд», «кувшин» — тогда прозвище могло относиться к гончару или торговцу посудой. Однако для центральной России, где фамилия встречается чаще, первое, славянское объяснение выглядит естественнее.

Встречается фамилия Губардин преимущественно в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это указывает на то, что фамилия сформировалась в среде крестьянского или посадского населения, где прозвища были особенно живучи. Сословно — это почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия, без связи с дворянством. Двойная буква «д» в корне — не ошибка, а следствие того, что исходное прозвище звучало как Губарда, с чётким произношением «рд».

Таким образом, Губардин — это фамилия, родившаяся из бытового прозвища. Она не несёт в себе ни героического подвига, ни знатного рода, но зато честно рассказывает о своём первом носителе: скорее всего, это был простой человек, которого окружающие запомнили по какой-то характерной черте — небрежности в делах или, напротив, по связи с ремеслом, если верна тюркская версия.