Фамилия Губардина — женская форма, а её основа мужская — Губардин. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать суффикс. В русских фамилиях на -ин обычно указывают на принадлежность: «чей сын?» — Губардин, то есть сын Губарды. Вот это прозвище или имя Губарда и есть ключ к разгадке.

Самая вероятная версия связывает Губарду с диалектным словом «губарь». В южнорусских и украинских говорах так называли человека с толстыми, оттопыренными губами, а также того, кто говорит невнятно, «губасто» или капризничает (от «губа»). Суффикс -арда в прозвищах встречается редко, но он мог выполнять усилительную или пренебрежительную роль, как в словах «кубарда» (неуклюжий человек) или «шмарда» (в бранном смысле). То есть Губарда — это не просто «губастый», а человек с очень заметной, возможно, некрасивой чертой лица или с дурной привычкой надувать губы. Модель образования простая: прозвище Губарда → отчество Губардин → фамилия.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «губар» (пыль, прах) или «губарь» (вид растения, например, верблюжья колючка). Однако в русской ономастике фамилии с таким корнем единичны, и чаще всего они встречаются в Поволжье, где было смешение языков. Но для фамилии Губардина, которая звучит по-русски с явным славянским суффиксом, первая версия — о прозвище по внешности — гораздо правдоподобнее.

Фамилия редкая. Она не входит в список самых частых русских фамилий, и её география не привязана к одному региону. Встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в центральных областях России. Это может говорить о том, что носители либо происходят из одного небольшого рода, либо фамилия возникла параллельно в разных местах от одного и того же прозвища.

Если отталкиваться от прозвищной версии, предок Губардиных был человеком с яркой внешностью — возможно, с крупными губами, за что и получил своё прозвище. Суффикс -арда мог придать этому прозвищу оттенок иронии или фамильярности, как у деревенских соседей. Никакой знатности или ремесла за этой фамилией не стоит — чисто бытовое, описательное происхождение.