Фамилия Губбаев — редкий случай, где русская и тюркская версии происхождения могут сосуществовать, не перечёркивая друг друга. Удвоенная «б» в середине — ключевая зацепка, которая отличает эту фамилию от более привычных Губаев или Губин.

Если отталкиваться от русского корня, то в основе лежит прозвище Губа. В старину так дразнили не только человека с заметными губами, но и обидчивого, «надутого» — того, кто «гнёт губу». В XVI веке, по данным С. Б. Веселовского, это прозвище было распространено: известны Яков Михайлович Губа Викентьев (1479 год) и Михаил Губа Стогинин (1507 год, Белоозеро). Удвоение «б» в фамилии Губбаев — скорее всего, канцелярская неточность или намеренное искажение при записи в документах, чтобы отличить одну ветвь носителей от другой. В некоторых говорах «губами» называли грибы, но эта версия менее вероятна для прозвища.

Однако двойное «б» может указывать и на иное происхождение. В тюркских языках существует имя Губа (вариант — Гобба), которое переводится как «возвышенный», «высокий». Если фамилия образована от него, то удвоение согласной — не ошибка, а закономерная передача тюркского звучания через русскую письменность. В этом случае фамилия Губбаев означает «потомок возвышенного» и никак не связана с частями лица.

Таким образом, перед нами две примерно равновероятные версии: либо фамилия пошла от бытового русского прозвища, которое позже исказили в документах, либо от тюркского имени с чётким написанием. Региональная привязка могла бы прояснить ситуацию: в Поволжье и Приуралье чаще встречается тюркский след, в центральной России — русский.