Фамилия Губелёв — редкий случай, когда основа, скорее всего, не связана с распространённым именем или профессией, а восходит к прозвищу. В её центре — слово «губель», которое в русских говорах имело несколько значений, и разобраться с ними — ключ к пониманию происхождения фамилии.

Самая вероятная версия отсылает к диалектному «губель» — губа, губастый человек, тот, у кого большие или толстые губы. Прозвища по внешним чертам давали часто, и суффикс -ёв (фонетический вариант -ев под ударением) стандартно превращал такое прозвище в фамилию: Губель → сын Губеля → Губелёв. Модель простая и распространённая, как, скажем, в фамилиях Косарёв или Пахарёв, но с менее очевидной основой.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с глаголом «губить». В этом случае «губель» могло быть прозвищем человека, который портил дело, был расточителем или даже злым колдуном (губителем). Однако такая трактовка менее вероятна, потому что прозвища с корнем «губ-» в значении «порча» чаще давались в форме Губитель, Губица, а не Губель. Кроме того, форма «Губелёв» с ударным -ёв характерна именно для прозвищной модели, а не для производных от глагольных основ.

Стоит обратить внимание на географию. Фамилия Губелёв встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Ростовской областях. Это совпадает с ареалом бытования слова «губель» в значении «губа». В этих краях прозвище могло закрепиться за человеком с яркой внешностью, и уже его дети и внуки получили фамилию, которая сегодня звучит необычно, но когда-то была понятным указанием на примету предка.