Фамилия Губеркан — редкий пример сложения двух немецких основ, которое почти наверняка произошло за пределами России, а затем попало в русскую среду. Первая часть, huber, восходит к южно-немецким диалектам: так называли владельца «гуфы», то есть земельного надела определённого размера. Это не просто крестьянин, а зажиточный хозяин, имевший право распоряжаться участком. Вторая часть — Kan — просторечная, усечённая форма имени Конрад, где древневерхненемецкое kuoni означало «отважный, смелый», а rāt — «совет, намерение, цель».

Таким образом, исходное прозвище или второе имя звучало как «Губер-Кан» — «землевладелец Конрад» или «Конрад-хубер». Соединение двух разных слов в одну фамилию — нехарактерный для русского языка приём, но типичный для немецкого словосложения. В России такую фамилию могли получить потомки немецких колонистов, переселившихся в Поволжье или Причерноморье в XVIII–XIX веках. Встречается она редко, и это как раз тот случай, когда фамилия прямо указывает на профессию предка (держатель надела) и его личное имя, а не на место жительства или отчество.