Фамилия Гудковская — это «географическая» форма, то есть она указывает на местность, а не напрямую на прозвище предка. В основе лежит всё то же прозвище Гудок, но фамилия образована не по стандартной модели «Гудок → Гудков», а через топоним. Скорее всего, предок носителя этой фамилии был либо владельцем, либо уроженцем населённого пункта с названием Гудково или Гудковка. Такие деревни и хутора есть в Беларуси, на западе России и на Украине. Переселившись в другое место, человек получал прозвище «Гудковский» — «тот, кто из Гудкова», а его потомки закрепили это в фамилии.

Что касается самого прозвища Гудок, то здесь есть развилка значений. В южных и западных диалектах глагол «гудить» означал «порицать, корить, хаять». В новгородских говорах — «манить, обольщать, обманывать». Поэтому Гудком могли прозвать либо бранчливого человека, либо, наоборот, ловкого плута и обманщика. Вторая версия — музыкальная: от названия старинного славянского инструмента гудок (смычковая трёхструнная скрипка). В этом случае прозвище давали уличному музыканту или скомороху, который на нём играл.

Таким образом, фамилия Гудковская — это не прямое прозвище, а «выездная» фамилия, указывающая на конкретную географическую точку. Её носители — потомки человека, которого когда-то за характер или занятие прозвали Гудком, а затем его семья обосновалась в деревне Гудково, и за ними закрепилось название по месту жительства.