Фамилия Гудукин — редкий случай, когда прозвищная основа почти наверняка связана с диалектным глаголом «гудукать». В южнорусских и украинских говорах так называли того, кто издаёт глухие, невнятные звуки, бормочет или напевает себе под нос. Человек, получивший такое прозвище, мог быть неразговорчивым, ворчливым или, наоборот, любить тянуть монотонные песни. Вторая версия, менее вероятная, отсылает к слову «гудок» — тогда прозвище Гудука мог получить музыкант, играющий на гудке или волынке, но для этого обычно использовалась форма «Гудошник» или «Гудков».

Модель образования классическая для русских фамилий: к основе «Гудук-» добавили патронимический суффикс «-ин», указывающий на принадлежность («чей?» — сын Гудуки). Суффикс «-ин» характерен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а/-я, что подтверждает: исходное прозвище звучало как «Гудука». Это отличает фамилию от варианта «Гудуков» (с суффиксом «-ов»), который мог бы возникнуть от формы «Гудук» без окончания, но реальная фамилия встречается именно в форме на «-ин».

Географически фамилия тяготеет к югу России — Курской, Воронежской, Ростовской областям, а также к украинским землям, где диалектный глагол «гудукати» был в ходу. В дореволюционных метрических книгах Гудукины чаще записаны как крестьяне или мещане, ремесленные занятия не прослеживаются. В списках дворянских родов фамилия не значится.

Примечательно, что фамилия не имеет ничего общего с тюркскими или кавказскими корнями, хотя по звучанию может показаться иноязычной. Это чистый пример того, как местное наречие закрепилось в фамильном имени, сохранив бытовое прозвище, которое сейчас без словаря уже не расшифровать.