Фамилия Гудукова — женская форма фамилии Гудуков, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени предка по мужской линии. Основа «Гудук» звучит нехарактерно для славянского именослова, и здесь возможны два основных пути, причём один из них значительно правдоподобнее другого.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий слово «гудук» или «кудук» означает «колодец». Прозвище Гудук могли дать человеку, который жил у колодца, копал их или владел им. В южнорусских и казачьих областях, где было сильно тюркское влияние, такие прозвища не редкость. Фамилия могла закрепиться, например, среди донских или кубанских казаков, у которых встречаются фамилии на -ов от тюркских корней. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Гудука».

Менее убедительная, но возможная версия — происхождение от личного имени Гудука, которое могло быть уменьшительной формой от крестильного имени, например, Гурий (Гудуха → Гудук). Однако такое словообразовательное звено не типично для русской антропонимии, и тюркский источник выглядит надёжнее.

Есть и третий вариант, но он совсем редкий: в некоторых говорах «гудок» означал «гуляка», «пьяница», а форма «Гудук» могла возникнуть из-за диалектного произношения. Но это лишь предположение, не подкреплённое массовыми данными.

Географически фамилия Гудукова встречается в основном на юге России — в Волгоградской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Это подтверждает тюркскую гипотезу, поскольку именно в этих регионах исторически был плотный контакт славянского и тюркского населения. В центральных и северных областях фамилия редка.

Словообразовательная модель простая: корень Гудук- + суффикс -ов. Никаких редких суффиксов вроде -их или -ский здесь нет, что указывает на относительно позднее оформление фамилии (XVII–XIX века), когда патронимическая модель на -ов уже стала массовой.