Фамилия Гундобина — женская форма фамилии Гундобин. В её основе лежит прозвище Гундоба, которое в русских говорах имело вполне конкретное значение. В словаре Владимира Даля «гундобой» или «гундобина» — это «брюзга, ворчун, бранчливый человек». Слово происходит от глагола «гундобить» — ворчать, брюзжать, говорить невнятно или себе под нос. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище за свой неуживчивый или ворчливый нрав. Это не редкость для русских фамилий: многие из них образованы от бытовых характеристик человека.

Модель образования проста: к основе «Гундоб-» добавился типичный русский суффикс принадлежности «-ин», указывающий на родство. Фамилия Гундобин буквально означает «сын Гундобы». Такие фамилии на «-ин» чаще всего встречались на севере и в центральной России, в новгородских и владимирских землях, где этот суффикс был особенно распространён.

В отличие от многих фамилий, у Гундобина нет спорных версий происхождения. Корень прозрачный, и связь с диалектным словом прослеживается чётко. Важно не путать её с фамилией Гундобин, образованной от имени Гундобер (скандинавского или немецкого происхождения) — это совершенно другая линия. Русская фамилия Гундобин — исконно славянская, бытовая, без иностранных корней.

Поскольку фамилия происходит от прозвища, а не от имени святого, её носители не принадлежали к духовенству и, скорее всего, были из крестьян или посадских людей. В архивных записях Гундобины встречаются с XVI века, в основном в писцовых книгах Новгородской и Тверской губерний. Фамилия редкая, но не исчезнувшая: её можно встретить в современных телефонных справочниках тех же регионов.