Фамилия Гургунаева — редкий случай, когда географический ключ к происхождению лежит почти на поверхности, но этимология самого корня остаётся загадкой. Это фамилия ярко выраженного кавказского ареала, прежде всего осетинского. Форма на -аев указывает на патронимическую модель, характерную для осетинских и некоторых других фамилий Северного Кавказа: суффикс присоединялся к имени или прозвищу отца, образуя родовое имя.

Основа «Гургун» не является распространённым личным именем в современном осетинском именнике, что заставляет искать её в более древних пластах. Наиболее вероятная версия связывает её с этнонимом «гургун» — так в древности называли одно из ираноязычных племён, упоминаемое ещё античными авторами. В этом случае фамилия Гургунаева могла означать «потомок гургуна», то есть человека, принадлежавшего к этому племени или получившего такое прозвище за воинственный нрав и связь с исторической областью Гурган (на юго-восточном побережье Каспия). В осетинском языке, сохранившем много архаичных иранских элементов, такой переход этнонима в личное прозвище — явление нередкое.

Менее убедительна, но возможна версия от тюркского «гургун» — «волк» в некоторых тюркских наречиях. Однако для осетинской среды, где волк имел сакральное значение, но обозначался другим словом, эта гипотеза слабее. Она могла бы объяснить фамилию у ногайцев или кумыков, но форма на -аев у них встречается реже, чем у осетин.

С точки зрения социального статуса, осетинские фамилии на -аев, как правило, не указывали на знатное происхождение (княжеские фамилии часто имели иные окончания), а фиксировали принадлежность к конкретному роду — фыдыфсымæр. Носители фамилии Гургунаева, вероятно, происходят из горных районов Северной Осетии, где родовые прозвища были особенно устойчивы. Фамилия не получила широкого распространения за пределами Кавказа, что делает её ярким маркером осетинских корней и, возможно, связи с древними племенами иранского мира.