Фамилия Гусеналиев — редкий случай, когда основа не просто имя, а целое составное арабское имя. Её разбор даёт ключ к пониманию того, как в тюркской и кавказской среде перерабатывали пришлые антропонимы.

В основе лежит имя Гусенали, которое распадается на две части: Гусейн и Али. Гусейн (Хусейн) и Али — имена ближайших родственников пророка Мухаммеда, чрезвычайно почитаемые в исламе, особенно у шиитов. Соединение двух имён в одно — Гусенали — распространённая на Кавказе и в Средней Азии модель, подчёркивающая религиозную значимость. Такое имя давали, чтобы усилить благословение.

Фамилию образовали по русской модели: к основе Гусенали добавили суффикс принадлежности -ев. В русской традиции этот суффикс означал «чей?» — то есть «сын Гусенали». Могли написать и через «-ов», но форма на -ев здесь закономерна, так как основа заканчивается на мягкий согласный.

Географически фамилия Гусеналиев почти наверняка указывает на азербайджанское или дагестанское происхождение (лезгинское, табасаранское, аварское). В Азербайджане и у народов Южного Дагестана составные имена вроде Алигусейн, Гусейнали, Магомедали — обычное дело. Фамилии на -ев там вытеснили более старые патронимы в ходе русификации в XIX — начале XX века.

Социального статуса фамилия не выдаёт: её мог получить и крестьянин, и ремесленник, и мулла. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок носителя был мусульманином, и его имя прямо указывало на глубокое почитание семьи пророка.

В написании встречается вариант Гусейналиев — с буквой «й» после «е». Это не ошибка, а более точная передача произношения (Гусейн). Форма без «й» — Гусеналиев — результат упрощения при записи в русских документах, где стечение гласных часто сокращали. Оба варианта считаются корректными для одной фамилии.