Фамилия Гутунева — женская форма фамилии Гутунев. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который указывает на принадлежность: «чей?» — Гутунев, то есть человек из рода Гутуна. Основа здесь — прозвище или личное имя Гутун.

Ключевой вопрос — что означало слово «гутун»? Самая правдоподобная версия связывает его с диалектным глаголом «гутунить» — говорить невнятно, бормотать, мямлить. В некоторых говорах так называли человека с неразборчивой речью или того, кто постоянно что-то бормочет себе под нос. Менее вероятна, но возможна связь со словом «гутня» (так в рязанских и тамбовских говорах называли плохую, негодную вещь или пьяницу), но здесь корень другой — «гут-» (гудеть, гугнить), а «гутун» скорее вторичное образование от «гутунить».

Фамилия редкая и географически привязана к югу России и Поволжью. Встречается в Воронежской, Волгоградской и Саратовской областях. Это указывает на то, что прозвище Гутун бытовало именно в этих местах. Сословной принадлежности по фамилии не определить: -ев — универсальный суффикс, его носили и крестьяне, и мещане, и духовенство. Скорее всего, предок носителя фамилии был крестьянином или однодворцем (государственным крестьянином южных окраин).

Сравнение с однокоренными фамилиями — Гутуров, Гутарев, Гутов — показывает, что основа «гут-» в русских фамилиях обычно связана либо с нечленораздельной речью, либо с диалектным «гута» (говор, речь). Гутунев стоит в этом ряду особняком благодаря суффиксу -ун, который в русском языке образует названия лиц по действию (бегун, ворчун). То есть Гутун — это «тот, кто гутунит», человек с характерной манерой говорить.

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться через «о» — Гутонев, так как в южнорусских говорах безударное «у» часто звучало как нечто среднее между «у» и «о». Современное написание закрепилось в XX веке при паспортизации.