Фамилия Игнахина образована от мужского крестильного имени Игнатий. В переводе с латинского оно означает «огненный» — по другой, менее распространённой версии, «неведомый». В основу фамилии легла не полная, а производная, обиходная форма этого имени — Игнаха.

Такая модель образования — от краткого, «домашнего» варианта имени — типична для русских фамилий. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Игнахина буквально значит «дочь (или жена) Игнахи». В крестьянской и рабочей среде, где полные имена в быту использовали реже, фамилии на -ин от усечённых форм были особенно распространены. Поэтому, скорее всего, основатель рода Игнахиных был выходцем из простонародья.

Стоит обратить внимание на сам суффикс -ах- в основе. В русской антропонимике это довольно редкий вариант народной формы имени. Чаще встречаются Игнатовы (от Игнат) или Игнатьевы (от Игнатий), а Игнаха — более специфичная, «семейная» или региональная форма. Это делает фамилию Игнахина заметной на фоне однокоренных: она сразу указывает на конкретное прозвище, а не на церковное или официальное имя предка.