Фамилия Игнатей — редкий случай, когда в основе лежит не полное каноническое имя, а его усечённая или народная форма. Исходное имя — Игнатий (от латинского ignis — «огонь»), но в русском обиходе церковная форма прижилась не сразу. В быту чаще звучало Игнат, а от него через суффикс -ей образовалось имя Игнатей. Такая модель характерна для северных и сибирских говоров, где окончание -ей было продуктивным: ср. Матвей (от Матфей), Тимофей, Елисей. Фамилия Игнатей, скорее всего, закрепилась за человеком, которого в документах записали именно этой формой имени — без фамильного суффикса, то есть по сути это «застывшее» отчество или прозвище.

Словообразовательно фамилия стоит особняком. Большинство русских фамилий на -ов/-ев (Игнатов, Игнатьев) или -ин (Игнатин) указывают на принадлежность: «чей сын?» — Игнатов, то есть сын Игната. Игнатей же — это прямое имя в роли фамилии. Такое явление встречалось редко и чаще у крестьян или однодворцев, где фамилии фиксировали простонародное произношение имени без дополнительных формантов. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно встретить запись «Ивашко Игнатей» — это значит, что Игнатей было личным именем, а позже оно перешло в фамилию.

Географически фамилия Игнатей тяготеет к южнорусским областям и Беларуси. В реестре казаков Войска Запорожского встречаются носители с подобным написанием. В современной России фамилия остаётся малочисленной — её можно встретить в Курской, Белгородской областях, а также среди старообрядцев, которые дольше сохраняли архаичные формы имён.

Спорных версий происхождения практически нет. Вариант, что фамилия могла возникнуть от прозвища Игнатей (например, по названию ремесла или местности), маловероятен: все известные ономастические источники, включая словарь Б. Унбегауна, указывают на имя как единственную основу. Исключение — если допустить, что в редких диалектах «игнатей» означало «упрямец» (от глагола «игнать» — гнать, понукать), но это не подтверждается письменными памятниками.

Таким образом, Игнатей — фамилия-имя, сохранившая живую народную речь. Её носитель, скорее всего, происходил из среды, где фамилии только начинали закрепляться, и его предка записали так, как называли в повседневности: не Игнатий и не Игнат, а именно Игнатей.