Фамилия Игнатишина образована от имени Игнатиша — просторечной формы церковного имени Игнатий. Само имя Игнатий восходит к латинскому ignis — «огонь», то есть «огненный» (реже встречается толкование «неведомый»). В православной традиции одним из покровителей этого имени считается великомученик Игнатий Богоносец, раннехристианский автор, по преданию принявший мученическую смерть в Риме при императоре Траяне.

Фамилия построена по продуктивной модели на -ин, которая в русском языке чаще всего указывала на принадлежность: «чей?» — «Игнатишин», то есть сын, потомок Игнатиши. Суффикс -иш- в основе — характерный для северных и северо-западных говоров уменьшительно-ласкательный вариант имени, в отличие от более распространённого южнорусского -к- (Игнатка). Такие формы бытовали в крестьянской среде, где полное церковное имя в быту почти не употребляли.

Скорее всего, основатель рода Игнатишиных был человеком из простого сословия. В документах XVI–XVII веков, когда фамилии только закреплялись у крестьян и посадских, подобные отчества на -ин фиксировали именно непривилегированное происхождение: дворяне чаще носили фамилии на -ов/-ев. Фамилия Игнатишина — нечастая, её географическое ядро, судя по данным современных переписей, тяготеет к северным областям России, что косвенно подтверждает диалектную природу суффикса -иш-.

Таким образом, фамилия Игнатишина буквально значит «принадлежащая роду Игнатиши», то есть потомка человека по имени Игнатиша. В ней сохранился и след народной переработки книжного имени, и память о социальном слое, в котором эта форма возникла.