Фамилия Игнатухин образована от производной формы крестильного имени Игнатий. Само имя Игнатий восходит к латинскому слову «ignis» — «огонь», поэтому его нередко переводят как «огненный». Встречается и версия, что в основе лежит латинское «ignotus» — «неведомый». В русской народной среде имя Игнатий получило множество обиходных вариантов: Игнат, Игнатуха, Игнатка. Именно форма Игнатуха и легла в основу фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Игнатухин буквально означает «сын Игнатухи» или «потомок Игнатухи». Такая модель словообразования типична для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин встречается реже, что делает Игнатухин заметной на фоне однокоренных Игнатовых или Игнатьевых. Фамилия преимущественно бытовала в центральных и южнорусских регионах, где форма Игнатуха была особенно употребительна. В современных документах встречается и вариант написания Игнатухин, и, реже, Игнатухин с двойным ударением, но нормативным считается ударение на последний слог.