Фамилия Игнатухины — один из тех случаев, когда за основу взяли не полное церковное имя, а его обиходную, «домашнюю» форму. В её основе лежит мужское крестильное имя Игнатий (от латинского ignis — «огонь»; реже возводят к латинскому же ignotus — «неведомый»). В народной речи имя Игнатий сокращали и переиначивали по-разному: Игнат, Игнатка, Игнаша. Форма Игнатуха — одна из таких производных, вполне обычная для русских говоров. Суффикс -ух- в именах и прозвищах (сравните: Петруха, Валюха) придавал слову оттенок просторечия, иногда ласкательности, но чаще — фамильярности.

Фамилия образована по стандартной притяжательной модели: Игнатуха → Игнатухин, то есть «сын Игнатухи», «из рода Игнатухи». Модель с суффиксом -ин типична для основ, оканчивающихся на -а/-я. Это одна из самых распространённых схем в русской фамильной системе, наряду с -ов/-ев.

О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно — процесс закрепления фамилий шёл несколько столетий. Но по словуобразовательному типу фамилия Игнатухин сформировалась не раньше XVI–XVII веков, когда просторечные формы крестильных имён активно превращались в наследственные фамилии. Обычно такие фамилии встречались в среде крестьян и посадских людей, реже — у духовенства (которое чаще брало фамилии от полных церковных форм).

Интересно, что фамилия Игнатухин относительно редкая. В отличие от массовых Игнатовых или Игнатьевых, она сохранила именно ту самую «домашнюю» форму имени, которую редко фиксировали в официальных документах. Это делает её не просто родовым именем, а живым следом разговорной речи предков.