Фамилия Игнатулин образована от имени Игнатуля — просторечной, уменьшительной формы крестильного имени Игнатий. Само имя Игнатий восходит к латинскому ignis («огонь»), так что его буквальное значение — «огненный». В православных святцах это имя встречается нередко: известно 14 святых покровителей с именем Игнатий, и самый почитаемый из них — Игнатий Богоносец. Согласно церковному преданию, Иисус Христос брал его на руки ещё младенцем, отчего святой и получил прозвище Богоносец.

Фамилия построена по типичной для тюркских языков модели: к основе Игнатул- добавляется притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Игнатули»). Такая модель широко распространена у татар, башкир и других народов Поволжья и Урала, где русское имя Игнатий адаптировали в форме Игнатулла или Игнатуля. Поэтому фамилию Игнатулин стоит связывать прежде всего с татарской или башкирской средой, а не с чисто русскими фамилиями на -ин от канонических имён.

В русских говорах аналогичная уменьшительная форма Игнатуля тоже бытовала, но фамилия Игнатулин — случай скорее региональный. Если предки носителя жили на территории современных Татарстана, Башкортостана или Оренбуржья, то в основе фамилии лежит тюркская переработка имени Игнатий. Если же речь о северных или центральных областях России, более вероятна русская народная форма Игнатуля, от которой фамилию образовали с тем же суффиксом -ин.

Таким образом, фамилия Игнатулин двойственна по происхождению: она могла возникнуть как в тюркской среде (через адаптацию Игнатулла), так и в русской (через просторечное Игнатуля). В обоих случаях её основа — то же «огненное» имя Игнатий, а суффикс -ин указывает на родственную связь: Игнатулин буквально значит «потомок Игнатули».