Фамилия Икономиди — греческого происхождения. Её основа — слово «икономия» (οικονομία), которое в греческом языке означает не только «экономика» в современном понимании, но и «домоустройство», «хозяйство», а в церковном контексте — «божественное домостроительство». Соответственно, Икономиди — это потомок человека, которого прозвали Икономос, то есть «эконом», «управляющий хозяйством» или «домоправитель».

В византийской и поствизантийской традиции «икономос» — это не просто слуга или управляющий. Это была церковная должность: эконом отвечал за имущество и финансы епархии или крупного монастыря. Человек с таким прозвищем, скорее всего, либо занимал эту должность, либо был известен как рачительный хозяин. Фамилия образована с помощью типичного греческого патронимического суффикса -иди (в некоторых диалектах — -ади), который означает «сын» или «потомок». То есть Икономиди — буквально «сын эконома».

Встречается и другая, менее распространённая, версия, которая связывает фамилию с мужским именем Икономидий. В этом случае имя толкуют как «опора веры» — возможно, как калька с греческого имени, связанного с тем же корнем «домостроительства» в духовном смысле. Однако более правдоподобным выглядит происхождение напрямую от прозвища или должности, а не от личного имени.

Фамилия характерна для греков Понта (понтийских греков), которые массово переселялись на юг России и в Закавказье в XIX — начале XX века. Поэтому в России и странах бывшего СССР Икономиди встречается прежде всего в Краснодарском крае, Ростовской области, в Крыму, а также в Грузии и Армении. В самой Греции фамилия широко распространена, особенно на севере страны и на островах.

Фамилия не имеет отношения к русскому слову «экономия» в бытовом смысле — её корень уходит в античное и византийское понимание порядка, управления и веры.