Фамилия Иксаев образована от тюркского имени Иксай, которое, скорее всего, представляет собой фонетический вариант имени Аксай. Имя Аксай, в свою очередь, означает «белый (светлый) поток» и является распространенным названием небольших рек. Согласно этому, можно предположить, что имя Иксай указывало на место жительства предка: неподалеку от реки. Таким образом, потомок человека, которого звали Иксай, со временем получил фамилию Иксаев.