Фамилия Иксанова образована от башкирского мужского имени Иксан. Разбираем его по составу: основа имени — числительное ike («два») и существительное san («уважение, внимание»). Дословный перевод — «вдвойне уважаемый». Это типичная для тюркских языков модель, где имя-пожелание складывается из двух корней, подчеркивая высокий статус или почёт, который желали ребёнку.

В русской фамильной модели суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность: Иксанова — «дочь (или жена) Иксана». Фамилия распространена среди башкир и татар, что подтверждает её восточные корни. Встречается также вариант Иксанов — для мужчин.

Существует и другая версия, но она менее правдоподобна: будто фамилия происходит от названия южнокорейского города Иксан в провинции Чолла-Пукто. Слабость этой гипотезы в том, что у русских фамилий, образованных от географических названий, обычно другая модель (например, «Иксанский» или «Иксанов» от названия города — редкость и нехарактерно для тюркской среды). Скорее всего, это случайное созвучие.

Процесс закрепления фамилий у башкир и татар шёл в основном в XIX — начале XX века, поэтому точно определить место и время возникновения конкретной ветви Иксановых можно только по архивным генеалогическим записям.