Фамилия Ильинкова образована от имени Ильинко — народной, обиходной формы канонического имени Илья. В древнееврейском языке это имя означает «господь мой — Бог» и связано с библейским пророком Илией. Но в русской традиции такие формы на -ко (Ильинко, Петрунко, Васько) были особенно распространены на украинских и южнорусских землях, где уменьшительно-ласкательные или просторечные варианты имен нередко становились основой для фамилий.

Суффикс -ин в фамилии Ильинков указывает на принадлежность: «чей?» — Ильинков, то есть сын или потомок Ильинко. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен, прозвищ или профессий, оканчивающихся на -а или -о. В данном случае основа Ильинк- легко ложится в эту схему: Ильинко → Ильинков.

Скорее всего, носитель имени Ильинко был человеком из простого сословия — крестьянином, ремесленником или казаком. В среде духовенства и дворянства такие фамилии встречались реже: там предпочитали формы на -ский или полные имена. А вот в слободах, сёлах и военных поселениях юга России и Малороссии прозвищные имена вроде Ильинко были в ходу, и от них естественным образом возникали фамилии.

Таким образом, фамилия Ильинкова — это не просто «производная от Ильи», а указание на конкретного предка, которого в быту звали Ильинко. Со временем это прозвище закрепилось за его детьми и внуками, превратившись в наследственную фамилию. Если искать географическую привязку, то чаще всего такие фамилии встречаются в Курской, Белгородской, Воронежской областях и на смежных территориях Украины — там, где аканье и формы на -ко были нормой.