Фамилия Ильиных образована от мужского крестильного имени Илья. Это русская форма древнееврейского имени Элияху, которое переводится как «мой Бог – Господь» или «мой Бог – Бог истинный». Имя Илья, пришедшее на Русь вместе с христианством, было одним из самых распространённых, поэтому и фамилий на его основе возникло множество.

В основе фамилии лежит притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?» — Ильин. Первоначально так называли сына или потомка человека по имени Илья. Но в фамилии Ильиных мы видим не стандартный суффикс -ин, а окончание -ых, которое характерно для северных и сибирских говоров. Такая форма указывала на принадлежность к целому роду или семье: «Ильиных» означало «из семьи Ильиных». В центральных областях России чаще закреплялась форма Ильин, а на Русском Севере, в Зауралье и Сибири — Ильиных.

Разница между вариантами Ильин и Ильиных не смысловая, а географическая. Обе фамилии восходят к одному корню, но суффикс -ых превращает фамилию в так называемую «архаичную» форму родительного падежа множественного числа. В старых документах такие фамилии нередко не склонялись, а записывались как «Ильиных» — в ответ на вопрос «чьих будете?». Со временем эта форма застыла и стала официальной фамилией для целых династий.

Имя Илья было настолько популярно, что наряду с Ильиных и Ильиным возникли и другие однокоренные фамилии: Ильинский, Ильюшин, Ильченко, Илькевич. Но Ильиных выделяется именно своей родовой, «гнездовой» окраской: она говорит не об одном предке, а о целой ветви рода, которая в документах значилась как «Ильиных».