Фамилия Ильин — одна из самых распространённых в России, и её происхождение прозрачно: она образована от крестильного имени Илья. Это имя, точнее его церковная форма Илия, пришло из древнееврейского, где означает «мой Бог — Господь», «мой Бог — Бог истинный» или «мой бог Яхве». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ильин буквально значит «сын Ильи» или «потомок Ильи». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а/-я.

На Руси имя Илья почиталось особо. Главный небесный покровитель — Илья-пророк, легендарная фигура в еврейской и христианской традиции, чудотворец и прорицатель, грозный обличитель идолопоклонства. За свою пламенную ревность о славе Божьей он был взят на небо живым в огненной колеснице. В народных языческих представлениях пророк заменил древнего бога-громовержца Перуна и стал именоваться Ильёй Громоносным. День его памяти приходится на 2 августа. Кроме того, на Руси свято чтили былинного богатыря Илью Муромца, что тоже укрепляло популярность имени.

У фамилии Ильин есть несколько дворянских ветвей. Самая древняя ведёт начало от Дмитрия Ивановича, последнего князя Галицкого, жившего в конце XIV века. Сами князья Галицкие, согласно Бархатной книге, вели свой род от великого князя Владимира Святославовича, крестившего Русь. В XVII веке Ильины из этой ветви служили стольниками, стряпчими и воеводами. Род внесён в VI часть родословных книг Тульской и Рязанской губерний. Герб рода Ильиных внесён в Часть VIII «Общего гербовника дворянских родов Всероссийской империи»: на золотом поле изображён чёрный одноглавый орёл с золотой короной на голове, держащий в правой лапе меч, над которым видна корона, а в левой — пушку. Щит покрыт мантией и шапкой, принадлежащими княжескому достоинству, так как род происходит от князей Галицких.

Основателем другого рода Ильиных был дворцовый ключник Тимофей Ильин. Его сын Денис во второй половине XVII века служил стольником. Этот род внесён в III часть родословной книги Тверской губернии.

Среди известных носителей фамилии — Андрей Ильин, русский иконописец XVII века; Николай Иванович Ильин (1773—1823), русский драматург и переводчик; Пётр Петрович Ильин (1886—1950), предприниматель, владелец завода, выпустившего в 1904 году первый автомобиль в России.

Фамилия породила множество родственных форм. Это Ильиничнин (родоначальница была некая Ильинична, на что указывает суффикс -ин), Ильиных, Ильичёв (тут замешан какой-то Ильич), Ильманов (Ильман — разговорная форма имени Илья), Ильченков, Илюхов, Илюшин, Илюшкин. Все они восходят к одному корню и различаются только суффиксами, которые в разное время и в разных говорах образовывали новые фамилии от того же имени.