Имя Ильюша является производной формой мужского крестильного имени Илья, которое восходит к библейскому имени Eliyahu. Это имя переводится с древнееврейского как «мой Бог – Господь», то есть «мой Бог – Бог истинный». Суффикс -енко указывает на восточно-украинское или белорусское происхождение этой фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ильюша, со временем получил фамилию Ильюшенков.