Фамилия Иманалин образована от личного мужского имени Иманали, распространённого в тюрко-мусульманской среде. Имя составное, арабского происхождения: первая часть — «иман» (вера, верование в Аллаха), вторая — «али» (великий, возвышенный, могущественный). В сумме имя можно перевести как «великая вера» или «возвышенная вера». Родители, давая такое имя сыну, желали ему быть твёрдым в вере и достойным мусульманином.

Фамилия оформлена русским патронимическим суффиксом -ин, который в тюркских фамилиях присоединяется к основе, оканчивающейся на гласный или мягкий согласный. Модель образования типична для фамилий, возникших в среде казахов, татар, башкир и других народов, оказавшихся в составе Российской империи: к полной форме имени добавляли суффикс принадлежности («чей?» — Иманалин), и так сын Иманали становился Иманалиным.

Фамилия встречается в документах советского времени, прежде всего в Книгах памяти жертв политических репрессий. В Книге памяти Костанайской области записан Иманалин Амиргалий 1903 года рождения из Амангельдинского района. В Актюбинской области — Иманалин Калекеш 1898 года рождения из Уилского района. В Акмолинской области — Иманалин Кусаин 1894 года рождения, проживавший в Энбекшильдерском районе (ныне территория Северо-Казахстанской области). Все записи относятся к казахским населённым пунктам, что позволяет уверенно связывать фамилию с казахской средой.

Редкая особенность фамилии — полное сохранение арабского корня без усечения или тюркской адаптации. В отличие от однокоренных Иманов, Иманбаев или Алиев, фамилия Иманалин склеила оба компонента имени и добавила русский суффикс, что делает её более поздней по времени оформления — скорее всего, фиксация произошла уже в XIX–начале XX века при переходе на фамилии по русскому образцу.