Фамилия Ионькина — женская форма фамилии Ионькин. В основе лежит мужское имя Ионька, которое на Руси было обиходной, уменьшительно-ласкательной формой крестильного имени Иона. Это имя пришло из древнееврейского (yōnā — «голубь») и вошло в православный календарь благодаря библейскому пророку Ионе, которого, по преданию, проглотил кит.

Фамилия Ионькин образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Ионькин буквально означало «сын Ионьки» или «человек из дома Ионьки». В русской ономастике такие фамилии (от канонических имён через уменьшительную форму) считаются одними из древнейших. Они фиксировались в письменных источниках уже в XV–XVI веках, причём не только у знати, но и у крестьян, посадских людей и духовенства.

Интересная деталь: имя Иона в народной среде часто переосмысливалось и смешивалось с глаголом «икать» или «икаться». Поэтому в некоторых диалектах Ионькой могли в шутку прозвать человека, который часто икал. Однако это вторичная, народно-этимологическая версия. Основной, научно признанный путь — от церковного имени через уменьшительную форму. Фамилия Ионькина (и её мужской вариант Ионькин) встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, что типично для фамилий на -ин, в отличие от южных, где преобладает суффикс -ов.