Фамилия Ионкова — женская форма, а её мужской вариант, Ионков, образован по самой распространённой в русском языке модели: от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ов. Основа здесь — Ионк-, что сразу указывает на фонетическую или разговорную форму какого-то канонического имени.

Скорее всего, в основе лежит имя Иона — библейское, древнееврейского происхождения (yônāh — «голубь»). В русской народной среде его часто переделывали на свой лад: Ион, Иона, а уменьшительная форма звучала как Ионка. От неё и пошло отчество-прозвище Ионков, то есть «сын Ионки». Так фамилия закрепилась за потомками человека, которого в быту звали Ионкой.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «ионка» или «ионок» могло быть прозвищем, связанным с диалектным словом «ион» — так в ряде областей произносили «он» (местоимение). Но эта гипотеза слабая: прозвища от местоимений встречаются редко и обычно имеют ярко выраженный насмешливый оттенок, который вряд ли закрепился бы в фамилии.

Географически фамилия Ионков (и Ионкова) тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где имя Иона было особенно популярно среди крестьян и казачества. В документах XVII–XVIII веков встречаются записи об Ионках из Воронежской, Курской и Харьковской губерний — именно оттуда фамилия постепенно распространилась по России.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что суффикс -ов присоединился не к полной, а к уже усечённой, просторечной форме имени. Это типично для русских фамилий низших сословий: они чаще отражали не официальное имя, а то, как человека звали в семье или на улице. Так Ионкова оказывается в одном ряду с Васьковыми, Петьковыми и Мишковыми — фамилиями, которые хранят живую народную речь, а не церковную запись.