Фамилия Игонькина — женская форма, мужской вариант — Игонькин. В её основе лежит нецерковное имя или прозвище Игонька. Это уменьшительная форма от имени Игнат, которое восходит к латинскому Ignatius (огненный). Но есть и другая, менее очевидная версия: Игонька могло быть прозвищем, данным человеку с живым, горячим нравом — «огонь» в переносном смысле. В русских говорах слово «игонь» не фиксируется, так что связь напрямую с огнём сомнительна, но через имя Игнат она прослеживается чётко.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Игонькин — «сын Игоньки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Фамилия сравнительно редкая, её нет в массовых списках распространённых русских фамилий, что говорит о локальном происхождении. Скорее всего, предки носительницы жили в одном из регионов центральной России или Поволжья, где имя Игнат было в ходу, а уменьшительная форма Игонька закрепилась в быту.

Интересно, что фамилия Игонькин стоит в одном ряду с однокоренными Игнатов, Игнатьев, Игнаткин, Игнашин. Но если Игнатов и Игнатьев образованы от полной формы имени, то Игонькин — от ласкательного варианта, который использовали в семье или среди близких. Это может указывать на то, что родоначальник был не просто Игнатом, а именно Игонькой — возможно, младшим в семье или человеком, к которому обращались с теплотой.

В дореволюционных источниках фамилия почти не встречается, что неудивительно для фамилии, возникшей в крестьянской среде. Крестьяне получили фамилии массово только после отмены крепостного права в 1861 году, и Игонькины, вероятно, стали писаться так именно тогда, по имени или прозвищу деда. Точных данных о сословной принадлежности нет, но суффикс -ин и основа от уменьшительного имени — верный признак простонародного происхождения.