Фамилия Ионников — редкий пример того, как церковное календарное имя превратилось в фамилию через двойной суффикс. В основе лежит крестильное имя Иона (др.-евр. «голубь»), которое давали в честь библейского пророка. Но от Ионы напрямую образовалась бы фамилия Ионин или Ионов. Здесь же цепочка длиннее: сначала появилось отчество Ионник (Иона + суффикс -ик, уменьшительно-ласкательный или указывающий на принадлежность к младшему поколению), а от него — уже фамилия Ионников, то есть «сын Ионника». Такая модель встречается нечасто: она характерна для говоров, где цокали или смягчали согласные, и для регионов, где ценили развёрнутые формы отчества.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской. В этих краях имя Иона было распространено среди крестьян и духовенства, а суффикс -ик в отчествах встречался чаще, чем на юге. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян Ионниковых из-под Тотьмы, но массово фамилия не разошлась: она осталась редкой, не попала в боярские списки и не дала знаменитых дворянских ветвей.

Есть и альтернативная версия: от прозвища Ионник, данного человеку, который часто поминал пророка Иону или жил у реки с таким названием. Но она слабее, потому что топоним Ионник в русских землях не зафиксирован, а церковное происхождение подтверждается типовой моделью образования. Спорным остаётся только ударение: в говорах XIX века фамилию произносили и с ударением на первый слог (И́онников), и на второй (Ио́нников), что отражает колебания в самом имени.

Сегодня Ионниковых в России меньше тысячи человек. Фамилия не срослась с каким-то одним сословием — её носили и крестьяне, и мещане, и священники. Но именно редкость и необычная словообразовательная цепочка делают её ценной для ономастики: она сохранила след той эпохи, когда отчество могло обрастать дополнительными суффиксами, а имя библейского пророка становилось будничным родовым знаком.