Фамилия Ионикова — женская форма, а её мужской вариант Иоников — редкий пример фамилии, образованной напрямую от полного церковного имени Ионик. В святцах это имя встречается, но распространённым в народе оно не было: в быту чаще использовали упрощённые формы вроде Иона, Ионка или Ионя. Поэтому фамилия Иоников стоит особняком — она сохранила книжное, почти «учёное» звучание, что сразу выделяет её среди однокоренных, таких как Ионов или Ионин.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии: «чей?» — Иоников, то есть потомок человека по имени Ионик. Само имя Ионик — это греческое Иоанник, которое восходит к библейскому Иоанну («Бог милует»). В русской традиции такие полные формы редко становились прозвищами, поэтому носитель фамилии Иоников, скорее всего, происходил из среды, где имя давали по святцам строго, без сокращений, — из духовенства или старообрядческих семей.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где церковнославянское произношение имён держалось дольше. Встречается она и у потомков священников, и у крестьян, но в любом случае её основа указывает на то, что предок был крещён полным именем — возможно, в честь малоизвестного святого Ионика, почитаемого в православном календаре.

Если сравнивать с фамилией Ионин (от Иона), то Иоников звучит архаичнее и формальнее. В XIX веке такую фамилию могли дать в семинарии или записать в метрику без народной обработки, что и делает её сегодня редкостью.