Фамилия Иотенко — один из тех случаев, когда внешне понятная форма скрывает неочевидную основу. На первый взгляд перед нами типичная украинская фамилия с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках был главным маркером «сына такого-то» или «потомка такого-то» в Поднепровье и Слобожанщине. Но корень здесь — не Иот, а редкое библейское имя Иот, которое в православных святцах практически не встречается.

Вероятнее всего, Иотенко образовано от имени Иот (или Йот) — краткой формы от Иоаким. В народной речи имя Иоаким (древнееврейское «Яхве воздвигнет») сокращалось до Яким, Иким, а в некоторых говорах — до Иот. Такая модель усечения нехарактерна для русского языка, но встречается в западнорусских и украинских землях под влиянием польской и литовской антропонимики. Соответственно, Иотенко — это «сын Иота», то есть потомок человека, которого в быту звали Иот.

Менее вероятна версия, связывающая фамилию с греческим словом «иота» (йота, буква «и»). Прозвища вроде Иота давали людям мелким, незначительным или, наоборот, грамотеям, любившим подчеркнуть точность до «последней йоты». Однако для фамилий на -енко такая семантика нетипична: прозвища редко становились основой для «сыновьей» модели, предпочитая суффиксы -ский или -ов.

Географически Иотенко — фамилия, привязанная к левобережной Украине и, возможно, к южнорусским областям, куда переселялись украинские казаки и крестьяне. В дореволюционных метрических книгах она единична, что говорит о её редкости: носители, скорее всего, происходят из одного-двух родов, разошедшихся по разным губерниям.

Таким образом, Иотенко — это фамилия-отчество на украинский лад, указывающая на предка с уменьшительным именем Иот (от Иоаким). Другие версии (от прозвища по букве или от редкого тюркского корня) не выдерживают критики из-за несоответствия словообразовательной модели и ареалу бытования.