Фамилия Иотов — одна из тех, где разгадка лежит на поверхности, но часто ускользает из-за необычного звучания. В основе лежит церковное имя Иотам (в русской традиции часто произносилось как Ио́т). Это имя встречается в Ветхом Завете: так звали одного из царей Иудейского царства. Имя древнееврейского происхождения, означает «Бог совершенен» или «Бог праведен». В святцы оно попало, но широкого хождения в народе не получило — именно поэтому фамилия Иотов редкая.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Иотов — значит «сын Иота» или «потомок Иота». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от полных канонических имён, но в данном случае имя-основа было нечастым. В быту имя Иотам могли упрощать до Иот, что и закрепилось в фамилии.

Версия о том, что фамилия могла произойти от прозвища Иот (например, от греческой буквы «йота» — что-то малое, незначительное), маловероятна. Во-первых, прозвища по буквам алфавита в русской среде почти не встречались. Во-вторых, церковное имя Иотам даёт более логичное и прямое объяснение, подкреплённое ономастической традицией: фамилии на -ов от редких церковных имён — обычное явление.

Географически фамилия Иотов тяготеет к южнорусским и центральным областям, но из-за редкости носителей чёткого ареала не имеет. В документах XIX века её можно встретить среди духовенства и мещан — именно в этих сословиях чаще сохранялись «книжные», полные формы имён. Крестьяне обычно брали фамилии от более ходовых имён (Иванов, Петров), поэтому Иотов мог указывать на грамотного предка, возможно, связанного с церковной средой.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Иотовский, Иоткин — показывает, что Иотов остался самой архаичной формой. Суффикс -овский характерен для польской или украинской традиции, -ин — для русских фамилий от имён на -а/-я, но основа Иот не дала таких вариантов в массовом порядке. Так что Иотов — пример фамилии, которая почти не разветвилась и сохранилась в первоначальном виде.