Фамилия Ипанова — женская форма, а её мужской вариант Ипанов ведёт начало от имени Ипан. Это уменьшительная форма крестильного имени Ипат (церковнославянская форма — Ипатий). Греческое слово, лёгшее в основу, означает «высокий». Имя Ипатий в святцах встречается восемь раз; самый известный святой с таким именем — епископ города Гангры, живший в Малой Азии. После смерти его мощи прославились чудесами, особенно изгнанием бесов и исцелением болезней.

Имя Ипан — не единственная уменьшительная форма от Ипата. В русских говорах бытовали и другие варианты: Ипатка, Ипаша, Ипаха, Ипаня. Фамилии на -ов/-ев от них образовались по той же модели: Ипатков, Ипашев, Ипахин, Ипанёв. Форма Ипанов — самая распространённая, но Ипанёв встречается реже и указывает на иной диалектный вариант произношения. Судя по тому, что в основе лежит уменьшительное, а не полное имя, предок носителя фамилии был человеком из простого сословия — в крестьянской и мещанской среде полные имена в быту почти не использовали, заменяя их краткими формами.

Фамилия Ипанов (и Ипанова) встречается в основном в центральных и северных областях России, где имя Ипатий было в ходу у старообрядцев. В документах XVI–XVII веков можно найти крестьян и посадских людей с этим именем, но конкретные исторические носители фамилии не зафиксированы в ранних письменных источниках — она, скорее всего, оформилась уже после отмены крепостного права, когда фамилии стали массово закрепляться за бывшими крепостными.