Фамилия Ипполитовы (в мужском роде — Ипполитов) образована от крестильного имени Ипполит, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Греческое Ἱππόλυτος (Hippolytos) переводится как «распрягающий коней» или «освобождающий коней от упряжи» — составное слово от ἵππος (конь) и λύω (развязывать, распутывать). Имя это было не самым частым, но устойчиво бытовало в святцах благодаря мученику Ипполиту Римскому: он служил начальником тюрьмы при императорах Декии и Валериане (III век), обратился в христианство после мученической смерти святого Лаврентия и сам принял смерть за веру. Его память приходится на 13 (26) августа.

Фамилия построена по стандартной модели: к основе имени Ипполит добавили типичный русский суффикс -ов, который указывает на принадлежность («сын Ипполита»). Такая модель в XVIII–XIX веках закрепилась как основная для большинства русских фамилий, вытеснив более ранние формы с суффиксами -ин и -ский. Поэтому Ипполитовы — это потомки человека по имени Ипполит, а не носители прозвища или ремесленного обозначения.

Из-за редкости имени фамилия осталась немногочисленной. Она не получила широкого распространения в крестьянской среде, чаще встречалась у духовенства и городских сословий (купечество, мещане). В некоторых регионах, например в южнорусских губерниях, имя Ипполит могли адаптировать в народной форме Апполит, что дало начало варианту Апполитов — такая фамилия тоже фиксируется, но реже.

Самый известный носитель — Михаил Михайлович Ипполитов-Иванов (1859–1935), композитор и дирижёр, чья двойная фамилия образовалась присоединением девичьей фамилии матери (Иванова) к отцовской. Его музыкальное наследие, включая «Кавказские эскизы», прочно связано с академической традицией, но сам факт, что он стал заметной фигурой в русской культуре, не делает фамилию массовой. О точном времени появления фамилии Ипполитов в документах говорить сложно: процесс её закрепления шёл с XV по XVII век, и первые упоминания могли относиться к служилым людям или приказным дьякам, но конкретных записей без дополнительных архивных изысканий не назвать.

Фамилия Ипполитов — не просто калька с греческого имени, а свидетельство того, что книжное, церковное имя могло закрепиться в русском быту, пусть и в узком круге семей. Она стоит в одном ряду с такими же редкими фамилиями от имён греческого происхождения (Евгеньев, Анатольев, Леонидов), но уступает им по частотности.