Фамилия Ипполитов, при всей своей книжной звучности, образована по самой что ни на есть стандартной для русских фамилий модели: от полной формы крестильного имени плюс суффикс притяжательного прилагательного -ов. Имя-основа здесь — Ипполит. Оно пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка, где буквально означало «распрягающий коней» (от hippos — «конь» и lyo — «развязывать, распрягать»). В античной мифологии так звали сына Тесея, погибшего из-за клеветы мачехи Федры, но в народной памяти это имя закрепилось прежде всего за святым.

Церковный покровитель имени — мученик Ипполит Римский, живший в III веке. Он служил начальником и смотрителем тюрем при императорах Декии и Валериане, но, по преданию, был обращён в христианство мучеником Лаврентием. После казни Лаврентия Ипполит тайно погреб его тело, за что сам принял мученическую смерть. Эта история, известная по Четьим-Минеям, обеспечила имени устойчивое место в святцах — память Ипполита приходится на 13 (30) августа.

С точки зрения словообразования фамилия Ипполитов стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Анатольев или Виталиев, — все они образованы от греческих имён, которые в русском языке звучали как полные, а не уменьшительные формы. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, был назван полным церковным именем, а не обиходным сокращением. Впрочем, в быту имя Ипполит часто переделывали на русский лад — в просторечии оно звучало как Полит или Полуэкт, что дало жизнь и другим фамилиям: Политов, Полуэктов. Ипполитов — более редкий и «книжный» вариант.

Географически фамилия встречается повсеместно, но заметна концентрация в центральных областях России и в Поволжье. Среди духовенства, которое часто получало фамилии по именам святых, Ипполитовы могли быть не редкостью, хотя точных статистических данных по сословному составу нет.

Самый известный носитель фамилии — Михаил Михайлович Ипполитов-Иванов (1859–1935), композитор, дирижёр и педагог. Его двойная фамилия появилась, как это часто бывало в музыкальной среде, для отличия от однофамильцев: к основной фамилии Ипполитов он добавил девичью фамилию матери — Иванова. Его творчество, особенно «Кавказские эскизы», прочно ассоциируется с ориентализмом в русской музыке, но для этимолога важнее другое: сам факт, что фамилия, восходящая к имени римского мученика и греческому «распрягающему коней», стала частью культурного кода конца XIX века, — наглядный пример того, как церковное имя через несколько столетий может зазвучать в концертном зале.