Фамилия Иполитов — редкий случай, когда церковное имя перешло в фамилию почти без изменений, но с русским суффиксом принадлежности. В основе лежит крестильное мужское имя Ипполит (от греческого ἱππόλυτος — «распрягающий коней»). В русской традиции имя закрепилось через святого Ипполита Римского, но в народном произношении двойное «пп» часто упрощалось до одного «п», отсюда и форма Иполит, а не Ипполит.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе имени, указывая на принадлежность — «сын Иполита». Такой способ был распространён в среде духовенства и крестьянства: если отца звали Ипполит, его дети становились Ипполитовыми, но в бытовой записи двойная буква нередко терялась. В итоге фамилия Иполитов закрепилась как вариант, а не ошибка писаря.

Интересно, что фамилия почти не встречается в дворянских родословных — это скорее фамилия простого сословия, особенно из южнорусских и центральных губерний. В переписях XIX века Иполитовы фигурируют как крестьяне, мещане, редко — священники. Географически фамилия тяготеет к Курской, Воронежской и Тамбовской областям, что косвенно указывает на зону распространения имени Ипполит в народной форме.

Есть и другая версия, более редкая: от прозвища Иполит, которое могли дать человеку за любовь к лошадям или за профессию конюха. Греческое значение «распрягающий коней» могло стать шутливым прозвищем для того, кто работал с лошадьми. Однако эта гипотеза уступает основной — от крестильного имени, так как прозвища на основе редких греческих имён в русской среде почти не встречались.

В отличие от однокоренной фамилии Ипполитов, вариант с одним «п» — не ошибка, а самостоятельная фамильная форма, возникшая в народной речи. В документах XVIII–XIX веков можно встретить оба написания даже в пределах одной семьи, но к XX веку написание Иполитов закрепилось как отдельная фамилия.