Фамилия Ипполитова образована от крестильного мужского имени Ипполит. В основе лежит греческое слово, которое переводят как «распрягающий коней». Святым покровителем этого имени считают мученика Ипполита, римского тюремного смотрителя III века, обращенного в христианство святым Лаврентием. Потомок человека по имени Ипполит со временем получал фамилию Ипполитова.

Ипполитовы — одна из тех фамилий, где имя-основа встречается реже, чем хотелось бы ожидать. В святцах имя есть, но в крестьянской среде до XIX века его давали нечасто. Поэтому фамилия почти всегда указывает не на прозвище, а на прямую связь с полным церковным именем предка. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от имен или прозвищ, оканчивающихся на твердый согласный.

Среди известных однофамильцев — Михаил Михайлович Ипполитов-Иванов (1859–1935), композитор, дирижер и педагог. Его двойная фамилия появилась, чтобы отличать его от множества других Ивановых: вторую часть он взял у отца, а первую — от деда. Сам Ипполитов-Иванов происходил из семьи священника, что косвенно подтверждает: фамилия Ипполитов в духовном сословии встречалась заметно чаще, чем среди крестьян или купцов. В среде семинаристов вообще любили давать фамилии по именам святых — так имя Ипполит, пусть и редкое в быту, закрепилось как фамильная основа.

В написании фамилии стоит обратить внимание на двойное «п»: это не ошибка, а прямая передача греческого написания имени. В старых документах иногда встречается вариант «Иполитов» — с одной буквой, но нормативное написание закрепилось с двумя.