Фамилия Исаки — редкий случай, когда очевидная библейская основа сталкивается с неочевидным способом её оформления. В отличие от распространённых Исаковых или Исаевых, здесь нет патронимического суффикса -ов/-ев или -ин, который в русском языке превращает имя отца в фамилию сына. Окончание -и указывает на иную модель образования.

Скорее всего, перед нами фамилия, застывшая в форме родительного падежа единственного числа. В русской традиции так могли записать сына: «чей?» — «Исаки», то есть «(сын) Исака». Такая архаичная форма встречается в документах XVII–XVIII веков, когда фамилии ещё не устоялись, и крестьянина или посадского человека могли записать просто по отцу без добавления суффикса. Со временем эта запись закрепилась как наследственное имя.

В основе лежит каноническое имя Исаак (др.-евр. «он засмеётся»). В народном произношении оно часто теряло конечный согласный: Исак, Исакей, Исака. Форма Исаки могла возникнуть из диалектного произношения, где имя склонялось как «Исака — Исаки», либо из украинского или белорусского варианта Исакій, где ударное окончание дало фамилию Исаки.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи. Встречается у белорусов, украинцев, а также у молдаван и гагаузов, где модель фамилий на -и без дополнительных суффиксов — обычное дело. В центральной России носителей мало, что подтверждает нерусское происхождение модели.

С точки зрения социальной истории, предки носителей фамилии Исаки — скорее всего, крестьяне или мещане, получившие фамилию по имени отца в эпоху массового закрепления фамилий в XIX веке. Знатных родов с такой фамилией не известно — дворянские фамилии обычно имели более развёрнутые суффиксы.