Фамилия Исаковкая — редкий случай, когда ошибка в написании закрепилась и стала нормой. Правильная, исходная форма — Исаковская, с суффиксом -ск-. Ошибка «Исаковкая» (с пропуском одной буквы «с») встречается в документах и бытовой записи, но для этимолога это не опечатка, а ценный след: она показывает, что фамилия бытовала в устной речи, где окончание «-ская» часто редуцировалось.

Основа фамилии — мужское крестильное имя Исаак (в русской традиции — Исаакий, в просторечии — Исак, Исака). Суффикс -ск- указывает на географическое происхождение: такую фамилию давали не просто «сыну Исака» (как сделал бы суффикс -ов), а человеку, связанному с местностью, названной по имени владельца или первопоселенца. То есть предок носителя фамилии Исаковская — выходец из деревни Исаково, Исаковка или села Исаковское. Таких топонимов много в центральной России, особенно в бывших Владимирской, Костромской и Ярославской губерниях.

Модель образования типична для дворянских и духовных фамилий XIX века, но Исаковская могла принадлежать и крестьянам, переселившимся из одного села в другое: в этом случае фамилия указывала на прежнее место жительства, а не на сословие. Интересно, что в польской и белорусской традиции фамилии на -ский/-цкий тоже часты, но там основа «Исак» встречается реже — чаще «Исакович».

Если ваш предок писался как «Исаковкая», скорее всего, он был малограмотным или запись делал писарь на слух. Но сама фамилия — не искажение, а полноценная русская географическая фамилия, одна из многих, образованных от имени Исаак.