Фамилия Исакул — редкий пример антропонима, в котором восточное имя и русский патронимический суффикс слились почти без изменений. В основе лежит тюркское или арабо-персидское имя Исакул. Первая часть — Иса — арабская форма библейского Иисуса (Иса ибн Марьям в исламе). Вторая часть — -кул (от тюркского «кул» — раб, слуга) — типичный компонент многих мусульманских имён, означающий «раб Божий». Таким образом, Исакул дословно переводится как «раб Иисуса» или «слуга Исы», что для исламской традиции необычно, но возможно в среде народов, где почитание пророка Исы сочетается с суффиксом «кул», характерным для имён, выражающих покорность Всевышнему (ср. Аллакул, Таджкул, Худайкул).

Русская фамилия Исакул образована по нулевой модели — без добавления суффикса -ов/-ев или -ин. Это типично для фамилий, которые зафиксировали полную форму восточного имени в качестве прозвища или мирского имени. В среде русских крестьян или казаков, контактировавших с татарами, башкирами или народами Средней Азии, такое имя могло стать фамилией главы семьи. Нулевая суффиксация указывает на то, что фамилия закрепилась в форме, близкой к исходному имени, и не прошла через обычную русификацию с помощью патронимического суффикса.

Географически фамилия Исакул встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где исторически проживали татары, башкиры и казахи, а также русские, перенимавшие имена соседей. Встречается и у крещёных татар (кряшенов), где имя Иса могло быть связано с христианским контекстом. Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных ветвей, а не из массового разрозненного появления.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Исакул стоит в одном ряду с такими примерами, как Батыр, Мурат, Ахмет — то есть фамилиями, которые в русской среде не получили суффиксального оформления. Это делает её морфологически прозрачной, но одновременно маркирует как пришедшую из восточной ономастики. Социально предки носителя фамилии могли быть крестьянами, казаками или мещанами, но не дворянами — фамилии такого типа редко попадали в родословные книги.