Фамилия Исанбирдин — патроним, образованный от сложного тюркского имени. Её основа восходит к двум компонентам: «Исан» и «Бирд». Первая часть означает «живой, здоровый, благополучный», вторая переводится как «Бог дал» (от тюркского «бирди» — дал). Таким образом, имя Исанбирди — это благодарность Аллаху за рождение здорового мальчика: родители как бы говорили, что ребёнок — дар, и этот дар благополучен.

Модель образования типична для русских фамилий, адаптированных из тюркской среды: к тюркскому имени присоединили русский патронимический суффикс -ин. Формально фамилия отвечает на вопрос «чей?» — то есть «сын Исанбирды». Такой способ словообразования часто встречается у крещёных татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, где русская административная система фиксировала фамилии по отцу.

В отличие от более распространённых татарских фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин в данном случае указывает на основу, оканчивающуюся на гласный или мягкий согласный (Исанбирда → Исанбирдин). Это сближает фамилию с такими же патронимами, как Ахметшин, Нафигин или Хайруллин.

Географически фамилия Исанбирдин встречается преимущественно в Башкортостане и соседних регионах — Оренбургской, Челябинской областях. Встречаются варианты написания с одной «н» (Исанбирдин) и с удвоенной (Исанбирдин), что связано с особенностями записи тюркских имён в русских документах, где долгота гласных или удвоение согласных не всегда последовательно фиксировались.

Споров о происхождении фамилии практически нет: обе части имени надёжно этимологизируются, а сама модель «имя-благодарение» характерна для тюркской антропонимии. Единственное, что может вызвать вопрос, — это редкость фамилии: она не входит в списки самых распространённых, что говорит о её локальном бытовании, вероятно, в рамках одного рода или нескольких близких селений.